Polyphage se administrează oral, într-o doză adecvată vârstei, de 3 ori pe zi, cu o oră înainte de mese, timp de 7-10 zile.
În cazul sindromului de vărsături continue, soluția se utilizează sub formă de clisme de 2-3 ori pe zi, într-o cantitate echivalentă cu o singură doză de Polyphage, adecvată vârstei. În caz de disbacterioză intestinală, medicamentul poate fi utilizat împreună cu medicamente normoflora.
În scop preventiv, regimul optim este administrarea zilnică a unei singure doze adecvate vârstei. Durata administrării medicamentului este determinată de condițiile situației epidemice.